Apresentações do meu mestrado/doutorado. A maioria delas é focada no uso de dados públicos de sequenciamento do Sequence Read Archive (SRA) para a montagem de genomas mitocondriais (mitogenomas).
Tutorial-SRA.pdf:
Esse antiquado tutorial (tenho vontade de refazê-lo em markdown e/ou jupyter notebook no futuro, e qualquer ajuda nesse sentido seria muito bem-vinda) é um passo-a-passo de como escolher organismos/datasets no SRA que não possuam mitogenoma disponível e realizar a montagem de sua sequência mitocondrial.
Por mais que o propósito do MitoFree seja automatizar a parte de montagem desse tutorial, montar pelo menos alguns mitogenomas manualmente é um excelente exercício introdutório tanto à linha de comando quanto à bioinformática.
terminal_lactad:
Nos idos de 2017, aprendi o básico de linha de comando em um curso excelente de montagem de genomas do Laboratório Central de Tecnologias de Alto Desempenho em Ciências da Vida (LaCTAD).
Recomendo fortemente a leitura da aula deles sobre o terminal do linux (ambiente_linux5.pdf) e a realização dos exercícios (PraticadeLinux.pdf) para aqueles que nunca se aventuraram pela injustiçada tela preta. Esse e outros materiais podem ser encontrados no site deles: https://www.lactad.unicamp.br/br
Há vários outros lugares para se aprofundar nos estudos do terminal. Em português, temos por exemplo o edisciplinas. Em inglês, temos muito mais opções, como o curso do software-carpentry ou o The Unix Workbench.